Quần đảo gồm khoảng 21 đảo lớn nhỏ cấu tạo từ đá macma xâm nhập và gồm hai dãy đảo song song theo hướng bắc-nam. Đảo lớn nhất là đảo Nam Du có đỉnh cao 309 m. Quần đảo có khí hậu chí tuyến gió mùa; mùa mưa kéo dài từ tháng 4 đến tháng 10 hàng năm.

Danh sách (chưa đầy đủ) đảo thuộc quần đảo Nam Du:

Hiện chưa rõ tên gọi Nam Du xuất phát từ đâu nhưng có nguồn cho rằng tên gọi này đã có từ thời vua Gia Long trong khi nguồn khác cho rằng tên "Nam Du" xuất phát từ tên "Nam Dự" (nghĩa là "đảo phía nam") do người Pháp ghi theo cách gọi của các cụ đồ nho thời xưa.

Trong dân gian lưu truyền các câu sau:

Hòn Mấu đâm thấu Đô Nai

Đô Nai quay sang Bờ Đập

Bờ Đập tấp lại hòn Lò

Hòn Lò mò đến hòn Ngang

Hòn Ngang tạt sang hòn Đụng

Hòn Đụng cụng vào hòn Dầu

Hòn Dầu nằm chầu Bỏ Áo

Bỏ Áo tháo ngược hòn Ông

Hòn Ông dông đến hòn Dâm

Hòn Dâm đâm thẳng hòn Tre

Hòn Tre te đến hòn Mốc

Hòn Mốc xốc lại hòn Nhàn

Hòn Nhàn tràn thẳng hòn Hàn

Hòn Hàn quàng cổ ba hòn Nồm

Hòn Nồm chồm đại lên hòn Khô

Hòn Khô vô bãi Chệt

Bãi Chệt lết lên hòn Lớn...